上诉人（原审被告）淮安市国家税务局稽查局，住所地在淮安市清浦区西大街116号。
法定代表人程岗，该局局长。
委托代理人杨顺民。
委托代理人李凌飞，江苏益新律师事务所律师。
被上诉人（原审原告）淮安市友邦商贸有限公司，住所地在淮安市清河区爱民路北侧食品城三期综合楼102室。
法定代表人吴劲松，该公司董事长。
委托代理人滕庆红，江苏六仁律师事务所律师。
上诉人淮安市国家税务局稽查局（以下简称国税局）因税务行政处理决定一案，不服淮安市清浦区人民法院（2014）浦行初字第040号行政判决，向本院提起上诉。本院依法组成合议庭于2015年2月10日公开开庭审理了本案。上诉人国税局的委托代理人李凌飞、杨顺民，被上诉人淮安市友邦商贸有限公司的法定代表人吴劲松、委托代理人腾庆红，到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
原审经审理查明:原告于2011年5月份、7月份、9月份，共采购徐州市超典物资有限公司煤炭5662.82吨（含税金额2659207.43元），签订煤炭供需合同4份，货款由原告银行汇至徐州市超典物资有限公司银行账户。原告取得徐州市超典物资有限公司开具的23份增值税专用发票，其中2011年5月7份，发票代码为3200111140，发票号码为:16802623-16802629；2011年7月4份，发票代码为3200112140，发票号码为17840140-17840143；2011年9月12份，发票代码为3200112140，发票号码为18310901-18310912，23份发票合计金额为2272826.82元，税额合计386380.61元。上述23份增值税专用发票，原告已于2011年向国税机关认证通过，并申报抵扣了税款。所购货物煤炭已经售出，在2011年成本已结转。上述的23
份增值税专用发票，于2014年2月26日被徐州市国家税务局稽查局确认为虚开的增值税专用发票。
被告于2014年5月6日作出淮安国税稽处（2014）21号税务处理决定书。依据国务院令（2008）第538号《中华人民共和国增值税暂行条例》第9条 、国税发（2000）第187号《国家税务总局关于纳税人善意取得虚开的增值税专用发票处理问题的通知》和国税函（2007）第1240号《国家税务总局关于纳税人善意取得虚开增值税专用发票已抵扣税款加收滞纳金问题的批复》的规定，原告单位应补缴2011年6月增值税118188.18元。2011年7月增值税66955.38元，2011年10月119254.41元，2011年12月81982.64元，合计补缴增值税386380.61元。
依据《中华人民共和国税收征收管理法》第19条 、国务院令（2010）第587号《中华人民共和国发票管理办法》第21条 、国税发（2009）第114号《国家税务总局关于印发《进一步加强税收征管若干具体措施》的通知》第6条的规定，调增2011年度应纳税所得额2272826.82元，依据《中华人民共和国企业所得税法》第1条 、第4条 、第22条 之规定，补缴2011年度企业所得税568206.71元。依据《中华人民共和国税收征收管理法》第32条 之规定，依法加收滞纳金。
原审认为:被告于2014年5月6日作出的税务处理决定中查明认定了涉案的23份增值税专用发票系虚开，原告是善意取得，所购煤炭已售出，且在2011年成本已结转的事实。国家税务总局国税发（2000）第187号、国税函（2007）第1240号文件中对善意取得作出明确规定，即“纳税人善意取得虚开的增值税专用发票指购货方与销售方存在真实交易，且购货方不知取得的增值税专用发票是以非法手段获得的。”被告在处理决定中依据上述两文件对原告作出补缴增值税的处理，确认了原告系善意取得虚开的增值税专用发票。
根据《中华人民共和国企业所得税法》第八条 规定，“企业实际发生的与取得收入有关的、合理支出，包括成本、费用、税金、损失和其他支出，准予在计算应纳税所得额时扣除。”被告在处理决定中对原告取得的23份增值税专用发票认定为虚开，但对其对应的与原告企业取得收入有关的、合理支出没有作出认定，属事实不清。《中华人民共和国发票管理办法》第21条 规定，“不符合规定的发票，不得作为财务报销凭证，任何单位和个人有权拒收。”《国家税务总局关于加强企业所得税管理的意见》（国税发（2008）88号）规定“不符合规定的发票不得作为税前扣除凭证。”《国家税务总局关于印发《进一步加强税收征管若干具体措施》的通知》（国税发（2009）第114号）第6条规定，“未按规定取得的合法有效凭据不得在税前扣除。”上述规定对违规取得发票或凭据不得在税前扣除作了规定，但并没有排除用其他合法有效的凭证来作为税前扣除凭证。在企业所得税的管理中，发票只是证明成本是否发生的证据之一，但不是唯一的证据。原告取得徐州市超典物资有限公司开具的23份增值税专用发票是虚开，不是按规定取得的合法有效凭证，但原告是善意取得的。善意取得的虚开增值税专用发票，税法明确规定不得作为增值税合法有效的扣税凭证抵扣其进项税额。但对其23份增值税专用发票对应的企业所产生的成本等，在被告没有作出认定的情况下，是否可以作为企业所得税税前列支问题，税法没有作出明确规定。
